Il Napoli-Atalanta del campionato 1986\87 è una domenica di verifica per il Ciuccio candidato al titolo. Domenica, tra le poche, a non essere avara di clamorose disattenzioni, soprattutto da parte del Napoli, reo, in una giornata non proprio dritta, di una regressione che fa piombare l’ambiente in un momento di riflessione. Garella regala il pari agli atalantini, sprecando il duro lavoro per arrivare a una vittoria ipoteticamente preziosa, ma che, alla fine, rischia pure di trasformarsi in una clamorosa sconfitta. Maradona le prende dal primo minuto, in una serie A vecchio stampo, con l’autorizzazione a procedere alla rudezza difensiva e nessuna cultura del cartellino a tutelare i calciatori. Il Pibe è costretto a centellinare forze e resistenza al dolore. Nonostante tutto, riesce ad essere determinante, fino a quando, a sorpresa, il "gentile omaggio" di Garella determina un 2-2 che non consente agli azzurri la conquista del primo posto. Soliti interrogativi, secondo qualcuno. Tutti risolti più in là, col primo scudetto all’ombra del Vesuvio.
Due anni dopo, prima giornata di campionato, un certo Giacchetta, diciannovenne al debutto in serie A, fa esplodere il San Paolo in un Napoli-Atalanta che porterà il suo nome. Ultimo minuto, lo 0-0 sembra ormai cosa fatta e, invece, una capocciata del giovanissimo calciatore partenopeo scavalca difensori e speranze atalantine, per rilanciare un Napoli ancora sotto shock dopo lo scudetto sfumato nell’annata precedente. Si rivelerà una stagione di riscatto, con la conquista della Coppa UEFA.
La partita coi nerazzurri bergamaschi riserva al Ciuccio piacevoli sorprese. La storia si ripete l’anno successivo (quello del secondo scudetto partenopeo), quando Gianfranco Zola, talento scovato nella profonda Sardegna, in occasione di Napoli-Atalanta (conclusasi col risultato di 3-1 per i padroni di casa) subentra a Maradona e firma un goal alla Dieguito, piazzando un destro a giro sul palo lontano e sorprendendo un San Paolo che già intravede un erede del 10 più famoso del mondo. In quella stagione, e in altre a venire, Zola sarà ragione di soddisfazione per i tifosi partenopei e per tutto il calcio, nazionale e internazionale. Dalla rampa di lancio alle falde del Vesuvio ai successi col Chelsea, Zola passerà alla storia come tra i più acclamati e apprezzati numeri dieci del calcio italiano.
Proprio Gianfranco Zola, alla prima giornata del campionato 1991\92, il primo affrontato dagli azzurri senza Maradona, beffa l’Atalanta con un grande goal su calcio di punizione. Anche in questa occasione, sempre alla prima del girone di andata, il Ciuccio ha ragione dei nerazzurri quando tutto sembra ormai avviare il risultato allo 0-0. A togliere le castagne dal fuoco per il Napoli del dopo Diego, ci pensa ancora una volta un giovane calciatore, lo stesso che due anni prima aveva incantato il San Paolo con una prodezza proprio ai danni degli atalantini.
Nella peggiore stagione in serie A della storia azzurra, Nicola Caccia, ex calciatore del Napoli, consente all’Atalanta di riprendersi una tanto sospirata rivincita. Contro il Ciuccio di Bellucci e Protti, destinato a una dolorosa retrocessione, Caccia tira fuori la norma più classica del gioco del calcio e trafigge Taglialatela. L’1-0 finale è l’inizio di un lungo calvario che accompagnerà il Napoli fino alla fine. Record negativo di punti e retrocessione in serie B. Di fatto, la fine del “vecchio” Napoli.
Dopo le vicende finanziarie e l’avvento di Aurelio De Laurentiis, il “nuovo” Napoli guadagna terreno e prestigio, tornando ad essere una squadra candidata alle prime posizioni della classifica. I Napoli-Atalanta delle ultime due stagioni sono molto diversi. Quello del primo anno di Rafa Benitez è una sfida che vede gli azzurri avere ragione degli ospiti in una fase di grande forma, in un inizio di stagione giocato ad altissimo livello. Quel Napoli, vittorioso contro gli atalantini per 2-0 (reti di Higuain e Callejon), finirà il campionato al terzo posto e conquisterà la Coppa Italia. La sfida dello scorso anno, invece, vede gli azzurri impegnati nella lotta per un posto in Champions. In una gara difficile, in cui i padroni di casa non riescono a scardinare la difesa dell’Atalanta, gli ospiti passano in vantaggio con un goal di Pinilla viziato da un netto fallo su Henrique. Il pari di Zapata non basta al Napoli, costretto a vedersi allontanare la possibilità di ottenere un piazzamento in zona Champions. Stagione per certi versi maledetta, in cui gli errori arbitrali, in fondo, avranno un peso. Le polemiche sui mancati investimenti in estate e su Benitez completano il quadro di un’annata addolcita dalla conquista della Supercoppa italiana.